Mascotニューズレター ９月号

Mascot Distillerはピーク抽出、de novoシーケンシング、定量解析など、質量データ解析に必要なさまざまな機能を「One-stop solution」で提供します。すべての質量分析計ベンダー対応しています。

Mascotを利用した研究論文を紹介しています。取り上げてほしい話題や研究論文がありましたらぜひご紹介ください。また、 Mascotニューズレターの内容に関して、お気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。

今月の小技では、Mascot 2.5で劇的に使いやすくなった修飾エディターについて説明しています。

Mascotニューズレターのバックナンバーは次のページからご覧いただけます。日本語版は「Japanese」リンクをクリックしてください。

Mascot Distillerで質量データを一気通貫処理

Mascot Distillerは、質量データブラウザ、高品質なピーク抽出、de novoシーケンシング、MS1定量解析、Mascot検索結果ビュアーなど、質量データ処理に必要な様々な機能が実装されていますので、一気通貫で質量データを処理することができます。すべての質量分析計ベンダー（Aglent、Bruker、Sciex、Shimadzu、Thermo、Waters）の装置から出力される質量データに対応していますので、異なるベンダーの、複数の質量分析計を運用している場合でも、Mascot DistillerというひとつのGUI環境で質量データを一気通貫処理すことができます。

Mascot Distillerの使い心地を30日間有効なトライアルライセンスでお試ためしください。

Mascot Distillerのチュートリアル（英語版、日本語版）をご利用ください。

また、質量データをお送りいただければ最適はピーク抽出条件をご提案いたします。

Mascotを利用した論文の紹介

Mascotニューズレターで取り上げてほしい話題や研究論文かありましたらぜひご紹介ください。また、 Mascotニューズレターの内容に関してお気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。

Rapid, Sensitive, and Specific Escherichia coli H Antigen Typing by Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization?Time of Flight-Based Peptide Mass Fingerprinting.

Huixia Chui, Michael Chan, Drexler Hernandez, Patrick Chong, Stuart McCorrister, Alyssia Robinson, Matthew Walker, Lorea A. M. Peterson, Sam Ratnam, David J. M. Haldane, Sadjia Bekal, John Wylie, Linda Chui, Garrett Westmacott, Bianli Xu, Mike Drebot, Celine Nadon, J. David Knox, Gehua Wang and Keding Cheng

J. Clin. Microbiol. (2015), vol. 53, 2480-2485

This paper describes a rapid method to identify the Escherichia coli flagellar antigen (H antigen) at the subspecies level using a MALDI-TOF MS platform with high specificity and sensitivity.

The results from the comparison of MALDI-TOF MS and serotyping show that the MALDI-TOF MS method is an accurate and sensitive approach for E. coli H antigen identification and typing. Reference strains representing all 53 E. coli H types were identified correctly by MALDI-TOF MS. Of 85 clinical isolates tested by MALDI-TOF MS-H, 75 identified MS-H types (88.2%) matched results obtained from traditional serotyping. This new method had a much shorter turnaround time, higher throughput, and lower cost than serotyping.

今月の小技

Mascotは Unimod の修飾データベースを利用しており、最新版では1351件の修飾情報を利用することができます。

Mascot 2.4までの修飾管理システムは貧弱でした。検索条件設定画面に表示する修飾リストの変更は煩雑で、Error tolerant検索が適用される修飾エントリの取捨選択は実質的にできませんでしたし、バージョンアップの際、ユーザが新規登録した修飾情報を引き継ぐ事ができませんでした。

Mascot 2.5では、大幅に改善した修飾エディターを実装しました。検索条件設定画面に表示する修飾リストを「short list」としてグループ化し、そのグループを構成する修飾エントリを容易に変更できるようにしました。個々の修飾エントリにError tolerant検索を適用するかどうかのスイッチも付けました。unimodの修飾データベースを更新しても、ユーザーが新規登録した修飾情報は保存されますし、変更した設定内容も保存されます。

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