2016年5月号

米国サンアントニオのASMSカンファレンス会場にて、6/6（月）と6/7（火）に「Mascotユーザ朝食ミーティング 2016」を開催しますのでご参加ください。

セレノシステインを含むタンパク質が研究対象の場合はMascotの修飾設定を確認してください。

Mascot を利用した研究論文を紹介しています。取り上げてほしい話題や研究論文がありましたらぜひご紹介ください。また、 Mascot ニューズレターの内容に関してお気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。

今月の小技では、Mascotが管理する配列データベースファイル群の中の「*.stat」ファイルについてご説明します。

Mascotニューズレターのバックナンバーは このページ からご覧いただけます。日本語版は「Japanese」リンクをクリックしてください。

Mascotユーザー朝食ミーティング 2016 in サンアントニオ

ASMSカンファレンス初日の6/6（月）とその翌日の6/7（火）の2日間に渡って「Mascot ユーザー朝食ミーティング」を開催します。場所はASMSカンファレンス会場内の会議室「Room 302BC」ですので、朝食がてらお立ち寄りくださいませ。

参加ご希望の方は こちら からご登録ください（参加費は無料です）。開催日が近づきましたら改めてご案内メールを差し上げます。

６月６日（月）７：００〜８：００ Room 302BC

Ancient proteomes - proteomics in archaeology, palaeontology and forensics presented by Michael Buckley, Manchester University

Mass tolerant and error tolerant searches: how do they compare? presented by Matrix Science

６月７日（火）７：００〜８：００ Room 302BC

From Samples to Biomarker Discovery: The keys for Large Scale Proteomics presented by John Corthesy, Nestlé Institute of Health Sciences

New features in Mascot Distiller - MS^E, MS3 reporter ion quant, and more presented by Matrix Science

セレノシステイン U

セレノシステイン（U）はタンパク質を構成するアミノ酸としては希な存在ですが、UniProtKBで試しにヒト由来のセレノタンパク質を探してみると46種類登録されています。確かに多い感じはしません。セレノタンパク質の中で、たとえば「Selenoprotein P」は10個の「U」を含みますので、「U」に対する修飾設定が必須となりますが、最新のUnimodには「U」の代表的な修飾が登録されていますので、更新してください。更新方法等、詳しくは ブログ をご覧ください。

最新版の Unimod に更新するとすると次の項目が追加されます。

• Carbamidomethyl (U)
• Carboxymethyl (U)
• Dioxidation (U)
• MolybdopterinGD (U)
• Oxidation (U)

Mascotを利用した論文の紹介

Mascotニューズレターで取り上げてほしい話題や研究論文がありましたらぜひご紹介ください。また、Mascotニューズレターの内容に関してお気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。.

Comprehensive identification of translation start sites by tetracycline-inhibited ribosome profiling

Kenji Nakahigashi, Yuki Takai, Michiko Kimura, Nozomi Abe, Toru Nakayashiki, Yuh Shiwa, Hirofumi Yoshikawa, Barry L. Wanner, Yasushi Ishihama and Hirotada Mori

DNA Res (2016) online: March 23, 2016

The precise determination of protein coding genes in bacteria has proven to be difficult, and this paper presents an additional approach to further elucidate the translation start sites of expressed genes in bacteria. The authors used tetracycline-inhibited ribosome profiling to confirm the translation sites of e. coli. The tetracycline inhibits translation by preventing the stable binding of tRNA to the ribosome.

The approach showed that start sites identified here correspond >70% of the start site changes in the latest (2014) GenBank annotation record, indicating a good level of sensitivity. They used β-galactosidase gene fusions to confirm new translation start sites, and employed proteomics to further confirm by selectively enriching N-terminal peptides after tryptic digestion and LC-MS identification of peptides.

They also discovered over 300 translation start sites within non-coding, intergenic regions of the genome, which could correspond to pseudogenes, small peptides or have unknown roles.

今月の小技

Mascotは配列データベースをセットアップする際、配列や生物種情報をチェックし、その結果を「*.stat」ファイルにテキストでまとめています。「MASCOT search status page」ページの各々のデータベースブロックにある「Statictics」リンクからも内容を閲覧できますので、時々確認してみてください。次の内容で構成されています。

• ヘッダー部分には、エントリ数や残基数の他、無効な残基数も記録されますので、この値がゼロではない場合は配列データベースファイルの中味を調べてください。
• NCBInrやSwissProtのような生物種情報を含む配列データベースの場合は、各生物種に含まれるエントリ数を確認することができます。
• 残基の種類と数を確認することができます。AAの配列データベースとしてセットアップしたにもかかわらず、ACGTの数が極端に多い場合は良い結果は得られないと思いますので、NAの配列データベースではないことを確認してください。
• 各配列長に含まれるエントリ数を確認することができます
• 各生物種IDに含まれるエントリ数を確認することができます。SwissProtの場合はひとつのエントリにはひとつの生物種IDが対応しています。NCBInrの場合もSwissProt同様に、大部分のエントリはひとつの生物種IDが対応していますが、生物種IDを持たないエントリや、生物種が異なる同じ配列のエントリはひとつにまとめられてしまうために、複数の生物種IDをもつエントリも存在します。なお、より正確な検索を行うために、生物種IDを持たないエントリ数の割合が0.1%よりも十分低い比率であることを確認してください。

配列データベースの更新の際は、生物種定義ファイルも一緒に更新してください。

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