2016年4月号

今年もASMSが近づいてきました。今回は人口140万人の大都会・水の都、熊本市と姉妹都市の関係にあるサンアントニオです。弊社では６/６（月）と６/７（火）に「Mascot 朝食セミナー」を開催しますのでご参加ください。

Mascotを利用した研究論文を紹介しています。取り上げてほしい話題や研究論文がありましたらぜひご紹介ください。また、 Mascotニューズレターの内容に関してお気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。

今月の小技では、Mascot検索投入後、一日が経過するとナゾの検索失敗（Job crashed）となる場合の対処方法についてご説明します。

Mascotニューズレターのバックナンバーは このページ からご覧いただけます。日本語版は「Japanese」リンクをクリックしてください。

Mascotユーザー朝食ミーティング in サンアントニオ

昨年までは、ASMSカンファレンスが始まる前日の日曜日に「Mascot ワークショップ ＆ ユーザーミーティング」を開催していましたが、今年は趣向を変えて「Mascotユーザー朝食ミーティング」を6/6（月）と6/7（火）に開催します。場所はASMSカンファレンス会場となるコンベンションセンター内の会議室（Room 302BC）です。今回は、Mascotユーザーによる事例紹介の他、弊社製品の効率的かつ効果的な利用方法や新規サポート機能などをご紹介いたします。弊社のプログラム開発技術者も参加いたしますので、直接の情報交換の場としてもお役立ていただければ幸いです。

６月６日（月）７：００〜８：００ Room 302BC

Ancient proteomes - proteomics in archaeology, palaeontology and forensics presented by Michael Buckley, Manchester University

Mass tolerant and error tolerant searches: how do they compare? presented by Matrix Science

６月７日（火）７：００〜８：００ Room 302BC

From Samples to Biomarker Discovery: The keys for Large Scale Proteomics presented by John Corthesy, Nestlé Institute of Health Sciences

New features in Mascot Distiller - MS^E, MS3 reporter ion quant, and more presented by Matrix Science

参加ご希望の方は こちら からご登録ください（参加費は無料です）。開催日が近づきましたら改めてご案内メールを差し上げます。朝食がてらお立ち寄りくださいませ。

Mascotを利用した論文の紹介

Mascotニューズレターで取り上げてほしい話題や研究論文がありましたらぜひご紹介ください。また、Mascotニューズレターの内容に関してお気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。.

Analyses of Histone Proteoforms Using Front-end Electron Transfer Dissociation-enabled Orbitrap Instruments

Lissa C. Anderson, Kelly R. Karch, Scott A. Ugrin, Mariel Coradin, A. Michelle English, Simone Sidoli, Jeffrey Shabanowitz, Benjamin A. Garcia and Donald F. Hunt

Molecular & Cellular Proteomics (2016), 15, 975-988

Histones are the main protein component of chromatin and play a major role in the regulation of gene expression through complex patterns of post-translational modifications, histone variants, and proteolysis. To overcome some of the current limitations in the MS characterization of these histones, the authors have developed a new approach using a modified Orbitrap instrument.

They were able to greatly increase the fragment ion current by putting a reagent ion source in the front of the instrument, and using the C-trap for the storage of fragments from multiple iterations of ion/ion reactions. After sufficient accumulation, the ions were then transferred to the Orbitrap for measurement. This improves signal to noise and enables the acquisition of good quality spectra on a time scale more compatible with LC.

Histones from butyrate-treated HeLa cells were analyzed by top down LC/MS/MS using ETD. Several unique histone proteoforms were identified with up to 81% sequence coverage, and with a variety of modifications such as single amino acid substitutions, methylations, and acetylations. Additionally, truncated forms of histones H2A and H2B were characterized with up to 93% sequence coverage.

今月の小技

ごく希にMascot検索が終わらずに「Job crashed」になっていることがあります。よく調べてみると、Mascot検索を実行してから86,400秒経過した辺り・・・すなわち1日後に検索が失敗していることがあります。これはWindows のWebサーバソフトウエアである「IIS：Microsoft Internet Information Services」によってMascot検索が強制的に終了させられることが原因です。IISのCGIプロセスに対するタイムアウト設定はもともと900秒ですが、Mascotをインストールする際、この値を1日に変更しています。通常はこの時間設定で十分だと思いますが、Mascot検索の規模によっては1日でも足りないケースがあるかも知れません。次の手順でこの時間設定を変更することができます。

IIS7の場合は、[コントロールパネル]→[システムとセキュリティ]→[管理ツール]→[インターネットインフォメーションサービス(IIS)マネージャー]をダブルクリック→左ウインドウの[PCのホスト名]展開→[サイト]展開→[Default Web Site]展開→[mascot]選択→中間ウインドウの[CGI]アイコンをダブルクリック→[動作]の「タイムアウト(hh:mm:ss)」の値を「1.00:00:00」（日.時間:分:秒）から、たとえば「2.00:00:00」に変更→ウインドウを閉じる→変更を保存するかどうかのダイアログで[はい]ボタンを押してください。

IIS6（Windows XPおよびWindows Server 2003）の場合はWindowsのスクリプトを実行して変更します。詳しくは英文マニュアル「Mascot Server Installation and Setup」（http://PCのホスト名/mascot/pdf/manual.pdf）の「D. Web Server Configuration」項をご覧ください。

お問い合せ

マトリックスサイエンス株式会社

〒101-0021 東京都千代田区外神田6-10-12 KNビル3F

info-jp@matrixscience.com

電話：03-5807-7895

ファクシミリ：03-5807-7896

Matrix Science Ltd, 64 Baker Street, London W1U 7GB, UK
T +44 (0)20 7486 1050  F +44 (0)20 7224 1344  E info@matrixscience.com