Mascotニューズレター ８月号

ゲノム配列が決定されていない生物種サンプルのMascot検索にはEST（Express Sequence Tags）配列データベースがベストな選択かもしれません。

Mascotを利用した研究論文を紹介しています。取り上げてほしい話題や研究論文がありましたらぜひご紹介ください。また、 Mascotニューズレターの内容に関して、お気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。

今月の小技では、Mascotセキュリティーのパスワードを忘れた時の対処方法について説明しています。

ESTを使って検索する

研究対象としている生物種のゲノム配列が決定されていない場合、その生物種由来のタンパク質情報は NCBInr や UniRef100 のような総合配列データベースにも恐らく含まれていません。生物種の範囲を広げてMascot検索を実行すれば、関連する生物種由来のタンパク質に一部の質量データがマッチする可能性があり、大まかな意味でのタンパク質同定という点ではそれで十分かもしれませんが、EST配列データベースを使うことにより、質量データのマッチングのカバー率が上がり、より多くの情報が得られるかもしれません。たとえば、Atrantic cod（大西洋鱈）由来の配列情報登録件数は、GenBankのEST配列データベースでは257,435件ですが、NCBInrではたったの1,207件です。EST配列データベースを使いたい気分になります。

NCBI taxonomy browser を使うことにより、目的の生物種に関して、GenBank系列のデータベースが持つ情報登録件数を調べることできます。

EST配列データベースは、タンパク質の部分配列情報で構成されており、登録内容の重複度は高いですが、運良く研究対象生物種の UniGene index が存在すれば、Mascot検索によってマッチしたESTアクセッション番号をGene familyにマップして重複している配列を相殺処理し、より高品質な検索結果レポートを表示します。詳しい操作方法に関してはオンラインプレゼンテーションと説明資料をご覧ください。

また、EST配列データベース及び次世代配列データに関してはブログを投稿しましたのでご覧ください。

Mascotを利用した論文の紹介

Mascotニューズレターで取り上げてほしい話題や研究論文かありましたらぜひご紹介ください。また、 Mascotニューズレターの内容に関してお気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。

Identification of Regulatory and Cargo Proteins of Endosomal and Secretory Pathways in Arabidopsis thaliana by Proteomic Dissection.

William Heard, Jan Sklenář, Daniel F. A. Tomé, Silke Robatzek and Alexandra M. E. Jones

Molecular & Cellular Proteomics (2015) 14: 1796-1813.

This paper investigates an approach to decipher the membrane compartmentalization, through which cells separate and control biological processes. Plant growth, development, and adaptation to biotic and abiotic stress all rely on the dynamic endomembrane system, yet there is little known about the proteins regulating these dynamic trafficking events.

The authors developed a method based on affinity purification of fluorescent fusion constructs to seven subcellular marker proteins in Arabidopsis thaliana seedlings. A total of 433 proteins were presented, only five of which were shared among all enrichments, while many proteins were common between endomembrane compartments of the same trafficking route. Approximately half were assigned to only one enrichment.

More details as well as datasets are available from the proteomics database PRIDE (PXD001877 to PXD1885 inclusive).

今月の小技

Mascot Security機能が有効になっているMascot Serverにおいて、ログイン・パスワードを忘れた場合の対処方法をご説明します。

Mascot Serverのユーザの場合：Mascot Serverの管理担当者に連絡し、パスワードをリセットしてもらってください。

Mascot Serverの管理担当者の場合：Windowsの場合はコマンドプロンプトから、Linuxの場合はシェルプロンプトから、Mascotのインストールフォルダ直下にあるbinフォルダに移動し、「enable_security.pl」スクリプトを実行してください。「admin」アカウントのパスワードが「admin」にリセットされます。

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