Mascotニューズレター 2月号

Mascotニューズレター2015年2月号をお届けします。

今回は、発現タンパク質の量的変動を見たいときに、まずはタンパク質を同定する「同定駆動型」よりも、見た目の違いに注目する「特徴抽出駆動型」の方が「上流で勝負する」という意味で効率的に思えるかも知れませんが、2Dゲルの利用を除いて、それは恐らく違うということをご説明しています。ご参考になれば幸いです。

「Proteomic Forum 2015（独ベルリン：3/22-25）」におきまして、弊社主催のランチョンセミナー「Large Scale Proteomics」を開催します。出席を希望するお客様はご登録ください。

Mascotニューズレターで取り上げてほしい話題や研究論文がありましたらぜひご紹介ください。また、 Mascotニューズレターの内容に関して、お気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。

「定量して同定」と「同定して定量」

タンパク質が関係する研究の多くは、病気や刺激に対するタンパク質の発現変動に注目しますが、変動しないタンパク質に対する解析操作に時間をかけずに、発現変動しているタンパク質に対してより効率的にアプローチできないものでしょうか。

2Dゲルを利用すればタンパク質を「見る」ことができますので、目的のタンパク質部分を切り取って、消化して、解析することができますが、ショットガンの手法ではこれは無理です。もちろん、ペプチドの量的変化をMS/MSのレベルで把握することは十分可能かもしれませんが、通常ではたったひとつのペプチドから得られた情報をタンパク質の量に関連づけることはできません。

この話題に関しては弊社のブログ（「Quantify then identify or identify the quantify?」）をご覧ください。

Mascotを利用した研究論文の紹介

Mascotニューズレターで取り上げてほしい話題や研究論文かありましたらぜひご紹介ください。また、 Mascotニューズレターの内容に関して、お気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。

Deciphering Preferential Interactions within Supramolecular Protein Complexes: the Proteasome Case

Bertrand Fabre, Thomas Lambour, Luc Garrigues, François Amalric, Nathalie Vigneron, Thomas Menneteau, Alexandre Stella, Bernard Monsarrat, Benoît Van den Eynde, Odile Burlet-Schiltz, & Marie-Pierre Bousquet-Dubouch

Molecular Systems Biology (2015) 11: 771

Proteasomes are dynamic structures and adapt to their diverse biological contexts by changing their overall subunit composition and association with regulatory particles and interacting proteins. This high level of proteasome diversity could reflect specialized functions of each individual proteasome form.

This paper demonstrates an approach to decipher proteasome heterogeneity through label-free quantitative proteomics. The authors analyzed sub-complex composition by combining affinity purification and protein abundance correlation profiling with high-resolution mass spectrometry. By correlating proteins abundances across a large set of 24 proteasome samples immunopurified from nine different human cell lines, they observed that the two main 20S proteasome subtypes, sP20S and iP20S, interact with a different subset of regulators. This approach could be applied to other important large complexes.

Proteomic Forum 2015（独ベルリン）

「Proteomic Forum 2015」（独ベルリン：3/22-25）におきまして、弊社主催のランチョンセミナー「Large Scale Proteomics」を開催します。

• Analysis of the human proteome in proteomicsDB, Bernhard Kuster, Technische Universitaet Muenchen
   
• Reporting complex quantitation data sets using Mascot Insight, Patrick Emery, Matrix Science Ltd.

出席を希望するお客様はご登録ください。

今月の小技

Windowsの環境で実行可能なピークリスト生成プログラムをMascot Daemonの「Data import filter」プログラムとして構成することができます。詳しくは、Mascot Daemonを起動し、メニューバー「Help」→「Mascot Daemon Help」→「In Depth」→「Data Import Filters」→「Adding a new filter」をご覧ください。

なお、そのプログラムを多数のユーザが利用する場合は、Mascot Daemonが標準でサポートするData import filterプログラムとして構成することもできますので、お問い合わせください。

お問い合せ

マトリックスサイエンス株式会社

〒101-0021 東京都千代田区外神田6-10-12 KBビル3F

info-jp@matrixscience.com

電話：03-5807-7895

ファクシミリ：03-5807-7896

Matrix Science Ltd, 64 Baker Street, London W1U 7GB, UK
T +44 (0)20 7486 1050  F +44 (0)20 7224 1344  E info@matrixscience.com