英語のWeb版はここをクリックしてください   日本語のWeb版はここをクリックしてください

newsletter banner
 

Mascotニューズレター 4月号

 ASMS 2015(セントルイス)の開催に合わせて、5/31(日)に「Mascot ワークショップ & ユーザーミーティング 2015」を開催します。ぜひご参加ください。

 今回は、Mascot Serverを仮想化環境で動かす際の注意点についてご説明いたします。

 Mascotニューズレターで取り上げてほしい話題や研究論文がありましたらぜひご紹介ください。また、 Mascotニューズレターの内容に関して、お気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。

 今月の小技では、Mascotファミリー製品の引っ越しを取り上げました。

 

2015/4 もくじ

ASMS 2015 ユーザーミーティング
仮想化環境で Mascot を動かす
Mascotを利用した論文の紹介
今月の小技
 

ASMS 2015 ユーザーミーティング

 第63回米国質量分析学会(ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics)に合わせ、5/31(日)8時より、Crowne Plaza St. Louis – Downtown にて「Mascot ワークショップ & ユーザーミーティング 2015」を開催いたします。Mascotユーザーによる事例紹介の他、弊社製品の効率的かつ効果的な利用方法などをご紹介します。弊社のプログラム開発技術者も参加いたしますので、直接の情報交換の場としてもお役立ていただければ幸いです。

 座席数には限りがありますのでお早めにこちらからご登録ください(こちらからも登録できます)。

St Louis

仮想化環境で Mascot を動かす

 仮想化技術をうまく利用することにより、IT環境の変化に柔軟に対応しながら拡張性、耐障害性、性能を確保しつつ、設備導入、運用、管理に関わるコストを効果的に抑えることができます。

 仮想化技術の利点を生かして、仮想マシン上でMascot Serverを24時間365日動かすことができますが、システムリソースの割当に関して注意する必要があります。

  • Mascotは複数のCPUコアを同時に使って検索を実行しますが、ライセンスの販売単位は「4CPUコア/Mascot 1ライセンス」ですので、より高速なCPUコアを使う方が有利です。
  • Mascotが使用する仮想プロセッサを正しく構成することが重要です。
  • Mascotはメモリ上に展開された配列データベースファイルに対して検索をかけますので、仮想マシンが物理メモリに高速にアクセスできるように構成することが重要です。
  • Mascot検索の入出力ファイルはハードディスクに書き込まれますので、ハードディスクへのアクセス速度がより高速になるように仮想マシンを構成することが重要です。

 詳しくはブログ「Running Mascot in a Virtual Machine」をご覧ください。

Rack mounted servers

Mascotを利用した論文の紹介

          

 Mascotニューズレターで取り上げてほしい話題や研究論文かありましたらぜひご紹介ください。また、 Mascotニューズレターの内容に関して、お気づきの点やご質問などありましたらご連絡ください。

 

Phospho-iTRAQ: Assessing Isobaric Labels for the Large-Scale Study Of Phosphopeptide Stoichiometry

Pieter Glibert, Paulien Meert, Katleen Van Steendam, Filip Van Nieuwerburgh, Dieter De Coninck, Lennart Martens, Maarten Dhaenens, and Dieter Deforce

J. Proteome Res. (2015) 14: 839–849

With an estimated 30% of all proteins being phosphorylated, detailed analysis of the prevalence of this important modification is important for the elucidation of a range for cellular processes. While many workflows have focused on the enrichment of the phosphopeptides and subsequent quantitation by label-free or labeling approaches, the stoichiometry or occupancy of phosphorylation is not determined.

To measure the occupancy with the Phospho-iTRAQ method, a peptide sample is briefly split in two identical parts and differentially labeled preceding the phosphatase treatment of one part to remove the phosphate moieties. By focusing on the unmodified counterparts of phosphorylated peptides, the method circumvents the ionization, fragmentation, and enrichment difficulties that hamper quantitation of stoichiometry in most common phosphoproteomics methods. The technique was validated on multiple instrument platforms using a complex lysate of EGF-stimulated HeLa cells.

Thumbnail from featured publication

今月の小技

 コンピュータの処理能力は時間とともに低下するわけではありませんが、配列データベースや質量データのサイズは日々大きくなるのが常ですので、Mascot検索時間やMascot Distillerのピーク抽出処理時間は長くなり、コンピュータは相対的に「遅く」なります。幸いにも、コンピュータの処理速度は年々向上しますので、コンピュータを「消耗品」と考え、3年程度で交換するのが良いかもしれません。

 新しいPCにMascotファミリー製品を引っ越す場合は、新旧PCのホスト名を同一にすると、いままで利用していたMascot ServerへのURLリンクをそのまま使うことができます。

 Mascotファミリー製品のライセンスはPCの固有情報を使って発行されていますので、新しいPCでは引っ越ししたMascotファミリー製品毎に新しいプロダクトキーが必要になります。新しいプロダクトキー発行のご依頼や、Mascot動作環境移行方法など、Mascotファミリー製品の引っ越しの際はお気軽にお問い合わせください。併せてこちらの資料もご覧ください。

New server

お問い合せ

マトリックスサイエンス株式会社

〒101-0021 東京都千代田区外神田6-10-12 KBビル3F

info-jp@matrixscience.com

電話:03-5807-7895

ファクシミリ:03-5807-7896

 

Matrix Science logo

Matrix Science Ltd, 64 Baker Street, London W1U 7GB, UK
T +44 (0)20 7486 1050  F +44 (0)20 7224 1344  E info@matrixscience.com
 

View in a web browser Forward to a colleague Unsubscribe